A la fin de la Seconde Guerre mondiale, le monde est séparé en deux blocs, l’Est et l’Ouest.
C’est le début d’une nouvelle ère : la Guerre Froide.
Le 16 octobre 1962, le Président des Etats-Unis apprend que l’Union Soviétique a déployé des missiles nucléaires à Cuba. Le monde entier tremble devant l’éventualité d’une guerre nucléaire. Après plusieurs jours d’intenses négociations, les Soviétiques acceptent finalement, le 28 octobre, de retirer leurs missiles du sol cubain. Une fois cet incident résolu (on le désignera plus tard comme la ‘Crise des missiles de Cuba’), l’humanité semble avoir encore une fois échappé à sa destruction.
Cependant, l’accord qui avait mis fin à cette crise stipulait une condition, restée jusqu’ici secrète. Nikolai Stepanovich Sokolov, un scientifique soviétique qui s’était enfui vers l’Occident, devait être renvoyé en Union Soviétique. Le gouvernement américain accepta cette condition, et renvoya Sokolov dans son pays natal. Les Américains ne savaient pas que Sokolov allait devenir l’inventeur d’une arme de destruction massive. Désormais, avec Sokolov entre leurs mains, les Soviétiques sont prêts à reprendre le développement de cette arme. Si celle-ci est achevée, ce sera le début d’une nouvelle ère terrifiante pour l’humanité.
Août 1964. En réalisant enfin l’urgence de la situation, la CIA fomente un plan pour libérer Sokolov. Dans le plus grand secret, la CIA envoie l’unité FOX au laboratoire de recherche de Sokolov, situé au sud de la grande forteresse soviétique de Groznyj Grad. L’unité FOX (dirigée par le Major Zero, un ancien membre des SAS) est une unité de forces spéciales nouvelle génération qui opère à la fois comme un groupe de combat spécialisé et une unité de services de renseignement et d’espionnage. Le mode opératoire de l’unité FOX consiste à envoyer un seul agent soutenu par contact radio en territoire ennemi pour effectuer des missions d’infiltration en solitaire.
24 août. Un soldat plonge en piqué, semblant sorti de nulle part. Son nom de code est Naked Snake.